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1860年代初期，台宣教李庥牧師 (Rev. Hugh Ritchie)夫婦關心台灣女子的教育，四處奔走籌募設本女子學校。1885年朱約安 (Miss Joan Stuart) 與文安 (Miss Annie e. Butler) 接續其工作，至1887年二月十四日正式開學，學生十九人，入學條件是不纏小腳。這是台灣第一所專為女子設立的學校，開啟台灣女子受教育之先河。本校歷經清朝，日據，光復，因學制與教育內容的改變可分為四個時期：
（一）、長老教女學校時代(公元 1887 至 1938)創校之初，校務由文安、朱約安及萬真珠共同主持，1903年盧仁愛教士(Miss Jeanie A.Lioyd)任第一任校長。當時學生數增加，學校購得三甲地，即本校目前校址，並於1923年興建長榮大樓，此時學生人數為二百五十名。
"（二）、長榮高等女學校時代(公元 1939 至 1945) 二次大戰晚期，日人植村環女士任校長，她於1937年二月到任，未幾即離台，1937年12月番匠鐵雄牧師繼任第四任校長，本校正式取得日本政府承認之四年制女子中學，本校更名為 ""長榮高等女學校""。"
"（三）、光復後的長榮女子學校 (公元 1946 至 1974) 台灣光復後，學校改為六年制普通高中；分為初中三年，高中三年．校名改為""臺南市私立長榮女子中學""，由劉主安先生任校長。"
（四）、綜合高級中學時代(公元 1974 至今) 民國六十三年一月劉主安校長退休，由劉青眼校長接任。於六十三學年度設立職科，計有綜合商業科、會統科、觀光事業科、綜合家政科，學校並出售校園東南角一部分土地，興建一座中正大樓，民國六十五年落成供職業科使用。民國六十八年，由陳來治校長接任，在任三年完成家政大樓與新文安館，並增設美容科，及電腦教室
民國七十一年陳校長離校由謝叔陽校長接掌本校。謝校長積極推動學校校務。1987年學校百週年時興建大禮堂，當年亦增設夜間部延教班．民國七十八年設資料處理科並於八十一年建資訊樓．民國八十二年國中部恢復招生，八十三年建國中部大樓並整建高中部大樓及本校實習大樓。八十九年並增設綜合高中、應用外語科、及幼兒保育科。
謝校長是位牧師，特別重視學生宗教教育，他聯合長老會四所中學（長中、淡江、馬偕、長女）一起編寫一套六冊之人生哲學教材，於1999年完成，實乃對我中學生之基督教育一大貢獻。
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