馬偕博士自1872年由加拿大長老教會遣派來台灣宣教，以醫療傳道之精神，展開身心醫治及傳福音的事工；並於1879年在淡水創建台灣北部第一所西醫院「偕醫館」，成為馬偕紀念醫院的前身。

馬偕紀念醫院看見東部地區醫療缺乏，自1982年連續兩年派遣醫師支援蘭嶼鄉衛生所，開始踏入參與台東縣基層醫療的第一步，並於1983年至1985年間於成功鎮衛生所、太麻里鄉衛生所、富里鄉衛生所開辦群體醫療執業中心，於1984年與當時的台東省立醫院實施醫療合作計畫。

因著與東部地區密不可分的因緣，到了1985年每個月有馬偕十位年輕醫師同時在花、東兩縣服務，讓我們深深體會台東地區醫療的需要，同時期花蓮有慈濟醫院籌設，高雄有長庚醫院設置，而台東卻未有大型醫院願意進駐

馬偕紀念醫院秉持馬偕博士「那裡有需要，就到那裡去」的精神，在吳再成院長及地方主管官署、教界牧長、社會熱心人士積極奔走努力下，於1985年12月14日舉行破土典禮。施工一年半，後於1987年8月15日在當時仍甚為荒野的台東市鯉魚山下設立分院，落地深根在台東，也將台北的醫療技術及人才送到全台最偏遠的角落。

馬偕台東分院設立後有感台東地緣的特殊性，聯外交通非常不便，我們努力扮演著台東地區唯一區域教學醫院角色，成為科別最多、設備最佳的急重症醫療後送醫院，守護著台東地區民眾的健康與生命。除了強化急重症醫療外，對於偏遠山地、離島醫療的支援亦不餘遺力。

2008年開始推動弱勢銀髮族點燈計畫，照顧遍及台東縣各偏遠部落獨居老人，讓馬偕博士的精神繼續在台東地區發光發熱。

2014年5月1日新建醫療大樓完成，2014年12月通過中度急救責任醫院，具備腦中風重度級能力。

2015年增設第二心導管室、神經加護病房，並設置核子醫學科。

預計2016擴建新式手術室。