1925年前後，從台灣來約15至20名的留學生開始約定於每主日晚上7時，在顏春芳先生東中野的家中聚會，讀經吟詩，並由劉振芳與吳克昌兩位神學生以台語講道來帶領禮拜。東京台灣教會在上帝的美意與安排下開始萌芽。當時聚會的學生有吳主惠﹑翁德操等人。

1927年秋，留學生的聚會轉向明治學院神學部借用教室聚會，聚會時間始固定主日午後2時至2時半是祈禱會，2時半開始舉行禮拜，並正式取名為東京台灣基督教青年會，讓在東京地區的台灣留學生信仰得到繼續的造就，生活也可以彼此有所照顧。當時負責講道的神學生有袁新枝、鄭蒼國、高端莊、謝榮華、汪修文、陳明清、劉主安、吳主惠等人，其後又加上黃主義與郭和烈、許鴻謨與高天成等人。聚會人數也逐漸增加，三年中已有50名留學生一起聚會。

1934年10郭馬西牧師正式就任宗教部主事，人數更是快速增加，二年後，聚會人數已達百名。因此，在1935年時又轉借位於大久保的角筈日本基督教會禮拜堂聚會。但角筈教會禮拜堂因?久失修﹑受損嚴重，難再做為禮拜之用。遂於1937年11月再轉向距角筈教會不遠的柏木教會借用禮拜堂聚會。(當時駐堂牧師為植村環牧師，她曾任台南長榮女中的校長)

遺憾的是，郭馬西牧師卻在1940年辭任返台，在無後繼者帶領之下，主日禮拜的講道部分委請日本牧師負責，或由赴日進修的台灣牧師協助牧會，一直到1962年聘劉振芳牧師為主任牧師。

1945年大戰結束，又因柏木教會在主日下午有連續聚會，1946年春借用阿佐谷教會禮拜堂聚會，又在1947年借聖三一教會，再於1948年至1957年這段期間借用馬朝茂先生自宅聚會。這段期間也因為戰後，大部分的留日的台灣學生都分批回台，加上戰後復建緩慢，聚會的信徒縮減至四十名左右。1957年召聘其時正在東京進修的陳光輝牧師為牧師，並轉向飯田橋的路得教會借用禮拜堂聚會。1959年陳光輝牧師學成返台，1962年，聘請劉振芳牧師。

1965年欣逢台灣基督長老教會設教百週年，推派黃萬益與劉朱鑾兩位長老返台灣參加慶典，並在會中報告教會近況。

1966年聘蔡一信牧師為副牧師，又因劉振芳牧師於1969月17日蒙主恩召，蔡一信遂就任主任牧師。在這段期間裡，得到從台灣來日進修的陳希信﹑胡茂生﹑郭東輝等牧師之協助，帶領本會繼續往前推進。

1971年本會以積立金及兄姐特別奉獻在澀谷購置三信澀谷共同住宅（Mansion）做為禮拜之用，開始有了固定的聚會會所。

1974年總會通過正式向日本基督教團申請入會。隔年7月22日獲得日本基督教團之承認，正式成為日本基督教團之一員。1976年正式申請獲准成立宗教法人。

1975年 購得目前的教會會址土地並計劃建堂，由呂名傳長老擔任主委，盡全力積極籌畫，並於1976年開工建堂，越一年峻工，於1977年1月23日舉行獻堂感恩禮拜。其時，本會的聚會人數已增加到120名左右。建堂之前，則借用澀谷的神聖之丘教會聚會6年。

從1925年以來，四處向人借用場地作禮拜﹑聚會的奔波日子終告結束，終於擁有自己的禮拜堂，做為東京地區台灣信徒與?親聚集的地方，真是神恩浩瀚、無可測度，大家亦將所有榮耀歸予上帝。

1978年12月蔡一信牧師辭任赴美，隔年蘇慶輝牧師就任牧師，並展開為期9年的宣教事工。

1981年5月 正式在原宿分設原宿分會。原宿分會後來遷至代代木，後又遷至池袋購地建堂，並於1990年7月完工獻堂。

1985年  假高圓寺HALL舉行60周年感恩禮拜。

1986年 分設川越傳道所，並於1993年獻堂成為堂會。

1988年2月 蘇慶輝牧師辭任赴美，同年10月李約翰牧師就任本會主任牧師。

1994年12月 分設千葉支會，後千葉支會亦自購禮拜堂。

1997年9月  李約翰牧師辭任赴美，隔年8月聘李孟哲牧師為主任牧師。

2003年6月1日，全教會進行手寫聖經運動，將信仰再次奠基於聖經。

2004年5月 以台語漢字﹑中文即英文三種語文完成聖經手抄本，並隨即於隔月進行全教會讀經運動。

2004年6月起，為迎接設教80周年開始進行系列活動及改築。

2004年6月30日午後，舉行政治與教會對話即席演講會，邀請?文雄教授、林建良?師及李孟哲為講師。

2004年9月19-20日，於藤野日相園舉行全教會靈修會。

2004年10月31日午後，舉行教會與青年對話電影欣賞會(片名：把愛傳下去)。

2005年1月9日午後，舉行教會與音樂對話「設教紀念感恩音樂會」，邀請大東京督的四間台灣教會聖歌隊及李文智兄(假聲男高音)以詩歌彼此交流、親睦。

2005年1月23日午後，舉行教會設教80周年感恩禮拜，並邀請三位前任牧者蔡一信牧師夫婦﹑蘇慶輝牧師夫婦﹑李約翰牧師來日參加慶典，同頌主恩。  

2015年3月1日慶祝設教90週年。90週年感恩禮拜，包括台灣基督長老教會總幹事林芳仲、日本基督教團總幹事長崎哲夫、東京台灣教會前任牧師蔡一信夫婦、台灣教會公報社社長方嵐亭及鄰近台灣人教會的牧長都到場參加，約有近150人同頌主恩。禮拜設計分為「佇極起頭」「行過風浪」「上帝導路」與「獻上感謝」，安排詩歌、啟應，並將長老教會信仰告白分段穿插其中，亦播放回顧影片，看著設教以來的酸甜苦辣，不少人紅了眼眶。日本基督教團東京台灣教會是台灣基督長老教會第一間海外教會，對2015年盛大慶祝宣教150週年的台灣基督長老教會來說，東京台灣教會有著不可缺席的角色，象徵著長老教會150年前從接受福音的角色，成長為分享福音的角色已有90年之久。

■日本東京台灣教會歷任牧師

1934年～1940年　郭馬西牧師

1957年～1959年　陳光輝牧師

1962年～1969年　劉振芳牧師

1969年～1978年　蔡一信牧師

1979年～1988年　蘇慶輝牧師

1988年～1997年　李約翰牧師

1998年～　　　　 李孟哲牧師

【延伸閱讀】

東京台灣教會 喜慶90週年http://www.tcnn.org.tw/news-detail.php?nid=9087