英國長老教會海外宣道會差派宣教師馬雅各醫生，來台灣宣教，於主曆1865年5月28日登陸打狗港旗後（高雄市旗津區，正式受派宣教師登陸的第一站），19日後一行人轉往台灣府城看西街（台南市）租厝行醫傳道。後因被暴徒包圍投石逼害，於同年7月12日返回打狗，於通山街（高雄第一街）朝日鐵工廠處租一間店面傳道醫病，隔年6月於旗後山腰（高雄燈塔下的台灣機械廠修船塢處）買地蓋醫館，建築聖殿，這就是台灣基督長老教會第一間的禮拜堂，名叫打狗禮拜堂。同時亦為著紀念盡力研究熱帶病症，有熱帶醫學之父的萬巴德醫生，醫館名是〝慕德醫館（打狗醫館）〞，這就是台灣第一間西醫醫館。後來也招募學生，只有一位名叫林晟得到醫學文憑証件。所以也是台灣第一間的醫學院。

台灣基督長老教會第一次的聖禮典是佇主曆1866年8月12日由宣教師宣為霖牧師為初結的四粒果子：陳齊、陳清和、高長、陳圍4人施洗並主持聖餐禮拜。此後宣教師以打狗禮拜堂為根據地向內陸的埤頭（鳳山）、阿里港（里港）、阿猴（屏東）、東港、木柵、拔馬、崗仔林（左鎮）、東海岸擴展上帝國。同時為欲培育傳道人材，招募青年授業，因此宣教師們成立〝打狗傳教師養成班〞，旗後教會就成為南部宣教中心。

馬雅各醫生佇旗後教會三年之後，再轉往台南的二老口（舊樓）做傳教的發展地，打狗禮拜堂就由首任宣教師李庥牧師夫婦負責。而巴克禮牧師也將宣教的中心遷移到台南，教士會於1916年決議廢掉打狗醫館並賣地，以便彌補台南新樓醫館的新工程，本堂會周瑞長老以日幣貳仟元分五年付款給教士會，購買奉獻給教會。1935年巴克禮牧師於現址破土興建新聖殿。升堂會首任長老，王江長老為修建圍牆被磚頭壓著，永息主懷。

南部教會於50禧年時接到馬雅各醫生的信函，講：伊首先傳道於打狗、埤頭、台南。又周瑞長老獻地，旗後教會才能扮演光照台灣的第一點。

(文字內容取自：旗後教會網站)