教會於主後 1865 年間，從英國長老教會將基督教的福音傳入台灣二年後的 1867 年，由英國宣教師馬雅各醫生及李庥牧師二人來此地行醫傳道。在此建立了傳福音的基礎。同年十一月由何聘、黃福、何來發等，三位先人發起在安海街租用茅屋聚會，並由李府牧師主領主日崇拜，並得到黃深河，阿地伯二位的協助，到處宣揚主的福音。

蒙主的祝福，信主的人增加。因為聚會人數的增長致到租用之茅屋已難容納。經同工的商決購買現有教會座落中的東港段 532、532-1 號土地，在北角臨延平路旁建造一所簡便的茅屋，作為東港教會初期自有的禮拜堂。

於一八八七年教會遭到火災全部燒為灰燼，但火可以燒掉有形的教會建築物，卻燒不了兄弟的信心，於同年又在原位置後以?鈷石砌壁牆、蓋紅瓦、重建聖殿及傳教師宿舍。災後重建的教會繼續蒙主上帝的祝福，使教會不斷的成長，因為信徒的增加，並熱心參與聚會，使得崇拜時禮拜堂已不寬敞，後於1920 年收購鄰接地，猶原以砌?鈷石蓋紅瓦建造的聖殿，於同年三月開工，十二月竣工，而將舊禮拜堂作為主日學及幼稚園教室。

經過二十四年後在 1944 年間，笫二次世界大戰時，遭盟機空襲炸毀部份屋蓋及壁墻，二次大戰結束後，因空襲四處疏散避難或被征召做軍人者，回鄉的長執信徒與戰後被聘兼做東港中學教頭的劉棋水牧師，同心合作將損害的禮拜堂修復延用恢復崇拜。後來劉棋水牧師隨子移民巴西，在巴西息勞歸天。

一度離開東港教會赴日本深造三年後，回到祖居地，故鄉竹子腳教會，牧會三年的阮德輝牧師於1947年由竹子腳教會，再度來東港教會牧會時，觀看禮拜堂已是危險建物恐有萬一而計劃重建。但戰後初期經濟能力有限，信徒生活還是艱難的時刻，阮德輝牧師將建堂的事工背在自己身上，向前還未分開的高雄中會來爭取經費，結果決定以三對等方式，由高雄中會負擔全部工程費的三分之一，本教會負擔三分之一，其餘三分之一準咱向外教會募捐。因此當時的阮牧師不辭辛勞奔走向外捐募，一方面阮牧師聘請與東港教會有姻親關係的趙天惠長老之長女婿劉俊雄建築師，以利用原有禮拜堂本來所有高度地面，增添禮拜堂左右旁走廊，而加強四週圍基礎設計乙棟磚木造蓋水泥瓦的禮拜堂，於牧師長執信徒同心的協力，在上主帶領之下，終於 1948 年底完成東港教會第三次的重建聖殿。

值得提起的是只要有堅定的信心起造上帝的殿院，是絕對沒有建築不成的禮拜堂，上帝能為自己做預備的工作。記得當時重建工程禮拜堂所需要的天花板，在戰後尚沒有工廠生產此物之際，感謝主的安排使阮牧師在高雄某工廠找到了日據時代，戰前所留下來的三夾板，數量很巧合地與禮拜堂所需要的數量不加也不減，真是奇妙的主，為自己的殿院做完美的預備。

第三次重建聖殿的屋蓋木材，全是使用前次拆掉的聖殿舊料，歷經三十多年且於乙次的雨期中，因周圍尚未有高樓又無施設避雷針關係，曾遭雷電擊中前壁大門頂三角尖，豎立十字架的位置，因而壁裂、屋瓦也損害不少，因為都是整修過的建物。在乙次的禮拜中忽然乙聲大響，看到掛在講台後壁墻上的木製十字架落下的關係。因此於彼月份之長執會吾就提起說明屋架木料全是前的拜堂舊料，萬一發生問題者是不可設想，應是拆掉重建的時候。

1979年2月11日的和會經全體會員同意，讚成通過重建聖殿。

起初只有新台幣參拾萬元，在上主祝福之下全體堅定的信心與踴躍樂意的奉獻，且工程承辦人張鐙仁對多次的變更增值等工程，並拖了甚久才開工的建材起落價，也無絲毫的計較做奉獻之美舉，可說將工程交給主內兄弟做是可靠的所在，完成了重建後尚有餘額，而繼續整修牧師館，平屋頂及改建幼稚園二樓教室，並改建前面圍墻及整理前庭及綠化等工程，還足足有餘。

這一切的工程於 1983 年12月25日終告完成，總值新台幣柒佰餘萬元的工程，並於 1984 年1月2日作為東港教會設教一百二十週年的奉獻，舉行了獻堂典禮，繼續傳閞福音之大門，來參加典禮者約有千人，席開百桌。是東港教會有史以來最為熱鬧，因全體信徒團結樂意奉獻的成果完成了重建聖殿的使命。在此榮神益人，再次見證使無成為有的神，是何等的偉大，祂是不斷地愛護祂的殿院，眷顧信徒的主基督。

堂皇的聖殿完成後對教會增長有使命感的陳有文牧師於 1985年12月29 日提出小會議決，推行家庭小組，待時機成熟後的 1986 年8月3日正式成立，以東港教會區域分十個小組，按時聚會，祈禱信徒互相關懷，帶來使主日教會聚會人數的增長，但因過度熱衷於靈恩運動，致使本來嚴肅安靜重於講道，體制下的長老教會，因有些信徒的不習慣而險帶來使教會分裂之危機。

所幸東港教會為本鎮為唯一的長老教會，且牧師認識時機未成熟，暫改得宜，致使教會繼續蒙主的帶領而穩定的成長。

感謝主的恩典，於 1997 年11月16日舉行東港教會設教一百三十週年暨宣教大樓奉獻感恩禮拜，約有六佰人的盛會共沐主恩。東港教會於上帝恩典之下眾信徒的熱心共同努力起造了堪稱完美堂皇的教會。

文章及圖片來源：屏東中會東港教會網站