一八九六（光緒廿二年）十月中潘明珠牧師由林後教會（潮州教會前身）欲往台南，路過萬丹，投宿在李仲義翁家（當時李氏已信主，但因經商而無守聖日），勉勵其兄弟守聖日，二兄弟聽其勸告，潘牧師就借用醫生良偕為暫時禮拜堂開始帶領禮拜，十月十八日開始第一次聚會，是日共有十六人參加禮拜。

教會初設時，每主日出席人數大約廿人，分別為李仲義長老及其弟李仲清、陳屋、黃德標長老及黃沛、田厝施川及施愛哮、廣安陳進、興化徐、溝仔墘春冬之父潘慈良等幾個家庭。一八九九年二月搬至李仲義長老的油車店聚會，一九○○年因信主人數日增，教勢日熾，而由李仲義長老奉獻一筆土地建築一竹厝為福音堂，而使教會正式擁有自己的禮拜堂。

一九二六年將該竹厝拆除重建一洋式磚造禮拜堂（此乃一九八三年拆掉的禮拜堂）及一棟牧師館。一九五六年分設新園教會，一九六六年為應教勢之擴張及事工上之需要，配合設教七十週年紀念再建築一棟二層樓的青年館作為主日學及青年聚會的場所。

一九八一年聚會人數日漸增多，原有的禮拜堂已破舊不堪且容納不下禮拜的人數，而先行建築一棟三層樓的牧師館，以便拆掉舊牧師館，騰出空間來建一座新禮拜堂。一九八三年五月廿三日舉行定基禮拜，五月廿四日開工，到一九八四年十月峻工，而於一九八四年十一月十二日舉行獻堂禮拜。一九九九年六月二日於東區（溝仔墘）成立「溝仔墘福音中心」，二○○一年八月屏東中會接納溝仔墘福音中心，二○○三年十月十九日升格成為堂會，定名為溝仔墘教會。

目前教會內信徒為222戶，分五個關懷區域。同工機構有主日學、青年團契、社青團契、水晶團契、婦女團契、松年團契、青年聖歌隊、頌榮聖歌隊、少年聖歌隊（一九九九年一月成立）。

現有教會委員會為事工發展委員會、傳道委員會、教育委員會、財務委員會、總務委員會、教會與社會委員會、信徒關懷委員會、婚喪委員會。

文章及圖片來源：屏東中會萬丹教會http://www.bantan.idv.tw