在台南市東門路，屹立著堂皇肅穆的台南神學院校舍，這學院有著一段悠久而辛酸的院史。

早於公元一八六五年，英國長老教會差遣馬雅各醫生（Dr. James Maxwell)來台佈道。因有感於培養本地宣教人才之需要，乃於一八六九年在台南二老口醫館之禮拜堂開辦「傳道者速成班」。嗣後在台南及高雄旗后亦成立「傳教者養成班」。至一八七六年乃合併而創辦了「台南大學（神學校)」。第一任校長巴克禮牧師（Rev. Dr. Thomas Barclay)，學生只有十數名、教師三名、教室一座、宿舍一棟（可容十五人)，本院由是而誕生了。

一八八四年九月，中法戰爭時期，法艦封鎖台灣，「大學」停辦。至翌年二月續辦，並先後設立中學及女學各一所，即今台南長榮中學、長榮女子中學。

一八九五年中日甲午之戰，日軍侵台，府城（台南)危殆，本院再度宣佈停辦。戰後秩序回復，日人據台，人心沮喪，使教會思及宣教工作不可停頓，乃毅然復校。數年後學生數驟增，校舍不敷使用，卻苦無資金擴建。適校長巴牧師返回英國報告台灣傳教概況，並期籌募資金。數日後有一信徒私訪巴牧師，問明所需款數，巴牧師答以「約需千磅」。此人立即如數認捐，並以「不可公開姓名」為條件。一九○三年乃以鉅款建造新校舍（即今本院教室，院內人稱為本館)，懷緬往昔，大家對這位匿名信徒頗感崇敬，惜至今無人知曉他的姓名。

一九一三年改校名為台南神學校,一九二五年巴博士退休,由宣教師滿雄才牧師（Rev. W.E. Montgomery)任校長，一九二八年六月舉行五十週年校慶，並於翌年增設女生部，分初、高等二科。
一九四○年，太平洋戰爭爆發。日本政府對福音聖工的干涉日趨露骨，迫學校任用日人為校長。本校校長與教界各方經長久討論，及謹慎思考後，咸認「寧為玉碎,不為瓦全」，遂於九月，忍痛閉校，男女生各十名轉學他校，含淚道別，此次停辦達八年之久。

一九四五年戰爭結束，滿雄才牧師再度返台，經三年籌備，於一九四八年經斗六舉行的南部大會全體議員滿場一致通過復校，更改校名為台南神學院，招考高中畢業生修業四年。翌年滿院長退休，黃彰輝牧師繼任為院長，安慕理牧師任副院長，本繼往開來之精神，盡瘁於建設，自一九五六年起延長神學科為六年，並開設神學研究所，又將基督教教育科延為三年制。

自復校後，黃院長積極向各方勸募補助，多年來承本地各教會、母會等支援，一九五二年得到美國金陵基金會的襄助，擴建了現今的禮拜堂、舊圖書館、舊辦公室（即現今部份教室)、教授及學生宿舍等雄偉美觀的建築。一九五Ｏ至一九六Ｏ年代，不但獲得了美國歸正教會、公理會、聯合長老教會及聖公會等的經濟資助，更蒙各教會派遣教授到學院任教講學，推薦學生到院進修等，在學術上可謂兼容各教派之長處，而益發光彩。

一九六二年又獲得國際宣道會神學教育基金的鉅額授款，與母會、金陵神學董事會、聖公會、衛理公會及海外各教會的捐助，而興建神學研究院、音樂館、院長宿舍、教授宿舍等，這些工程於一九六三年初竣工，並於是年元月廿三日舉行奉獻禮拜。神學研究院即現今之圖書館，有教員研究室六間，個人研究小間四間及可藏書五萬冊之書庫（目前藏書已達六萬餘冊)，成為台灣神學界的最高研究中心。音樂館則命名為「頌音堂」，義取「文化交流，頌揚福音」。該館當時具有防音設備音樂教室、鋼琴、風琴練習室、錄音室、戲劇舞台、及具有五百座位的音樂廳及放映裝備，同年也增設了社會服務學系。由於學生人數急速成長，為照顧學生之生活起居，在董事會及全校師生努力募款下，籌建目前具有現代化設備的行政暨宿舍多種用途之綜合大樓，於一九八三年三月五日舉行落成感恩禮拜，為本院的歷史再拓展另一新的里程碑。

一九九四年奉總會之指示，開設神學系七年一貫制，期能有較充足的時間培養較完整、理想的傳道人。該年又增設宗教社會工作研究所，且成立「鄉音樂坊」研究發展本土、亞洲及普世教會音樂與禮拜。一九九六、九七年間，陸續有代價地移轉部份校區給新樓醫院，並購得王英忠先生之「綠岡」幼稚園土地。一九九八年成立「台南神學院基金會」，積極踏入社會，服務社區。一九九九年成立「教會音樂研究所」為21世紀台灣與亞洲教會音樂培育領導人才。為了建設本院成為普世性的神學研究中心，與國際神學教育接軌，並發展神學教育服務全體上帝子民的辦學理念，本院自二00三年增設英文教學之神學碩士班(M.Th.)招收國際學生，並設置二年制宗教碩士學位，整合宗教、社工及教會音樂研究所的課程。同時擴展延伸教育，並藉由深水校區、設立中部辦公室以及整修互談會命名為「彰輝館」來強化教育機能。二00四年本院與長榮大學合辦之「台灣基督教與文化研究中心」成立，並設置辦公室於彰輝館，以強化兩校之學術研究與教學合作。

頌音堂經由彰化基督教醫院之協助，從新整修於二00四年畢業正式啟用。原「綠岡」教室經整修董事會正式命名為「南神校友會?」，以增進學院與校友關係。

為有效整合長老教會屬下教育事工，本院正式加入『長榮學園策略聯盟』之合作方案，授權由董事長及院長代表參加。該組織是由台南神學院、長榮中學、長榮女中、長榮大學、彰化基督教醫院等單位所組成。

本院目前正進行軟體、硬體之整體規畫，在各系課程翻新、神研所課程的精簡、靈命的更新、全人的培養之目標下，迎向廿一世紀宣教新的挑戰。

文章及圖片來源：台南神學院