誠心悔改、用心宣教、守護台灣，是舉目向山祈禱會主要的意義與目標。」長老教會總會舉目向山祈禱會專案召集人林芳仲牧師強調，「舉目向山」從悔改開始，舉辦2年來，這項事工在各地發揮很大的影響力。

林芳仲指出，2009年李勝雄長老在總委會提出「舉目向山祈禱會」的想法，強調「從悔改祈禱開始」，悔改具有改變、轉化、調整的意涵，基督徒要悔改祈求心靈改變，走向真理道路，符合上帝慈愛公義的要求。教會與基督徒悔改，宣教才能真正影響社會。

林芳仲說，台灣教會有幾件事要在上帝面前祈求悔改，包括教會對台灣獨立建國的忽視，不關心整體國家主權議題，甚至有錯誤的國家認同；教會與信徒本身要悔改，耶穌不用外在道德評斷人，而是強調每個人要回到上帝面前，用心靈誠實，懺悔改過，如同稅吏撒該遇見耶穌，生命徹底改變。

「舉目向山祈禱會」的核心理念緊扣長老教會整全宣教6大方向：宣揚福音、培育上帝的兒女、愛心服事、社會改造、關懷受造界、福音與文化。林芳仲表示，祈禱不只為了個人，也要為家庭、國家、人群與受造界禱告，在台灣特殊的處境中，從「福音與文化」的對話反省，祈求上帝引領方向，讓教會在非基督教文化的台灣社會中做見證。

為了使眾教會進行每週舉目向山祈禱，總會舉目向山祈禱會事工小組規劃撰寫每週信息、程序和代禱事項，刊登在《台灣教會公報》，從第3013期開始，即將邁入連續刊載100期的第3113期，內容涵蓋家庭、親子、環境、人權、國家主權、經濟公義、社區宣教、心靈改革等，幫助教會有更深入與廣泛的祈禱面向與信仰反省。

對於從2009年7月啟動「舉目向山」至今的回顧和展望，林芳仲說，「舉目向山」有關鍵影響力，這2年陸續發生88水災、五都選舉、國光石化、日本地震海嘯核災、明年總統立委大選等大事，長老教會藉由舉目向山即時祈禱關懷，結合「一領一．新倍加」，使教會信仰的「質」與「量」倍加。

今年舉辦非核家園講座、王功與阿塱壹祈禱會，10月至年底「台灣國是懇談會」都是從「舉目向山祈禱會」而來，目前正在籌備「為台灣國跨年祈禱會」，在全國各區用祈禱迎接2012年，持續宣教的腳步。