近來因許多牧師、信徒基於疼惜台灣、希望台灣可以走出政治困境的另一條路而加入台灣民政府，致使外界誤認台灣基督長老教會支持台灣民政府，並帶給教會困擾。因此，台灣基督長老教會明確地表明：

1. 台灣基督長老教會並沒有支持台灣民政府的主張及行動。
2. 台灣基督長老教會雖然沒有支持台灣民政府的主張，但尊重該組織所擁有的言論自由權利。

台灣基督長老教會同時有責任提醒牧長、信徒：

1. 台灣的國際地位在1951年9月8日簽訂的〈舊金山和約〉第二條中明確說到「日本政府放棄對台灣、澎湖等島嶼的一切權利、名義與要求」，並未提及台灣的歸屬。而第二次世界大戰後的潮流及普世人權的價值影響之下，「自決權」是戰時殖民地解決歸屬的最高原則。台灣的未來應依照「住民自決」的原則由台灣的住民來決定自己的國家；這也是台灣基督長老教會在70年代發表三篇重要宣言的基礎。這些與台灣民政府主張台灣為「日本天皇保有所有權，美國總統握有佔領權」是相互矛盾的。
2. 雖然台灣民政府反對台灣屬於美國的一部份，但他們同時也反對台灣的獨立、建國、自治等的選項。這與台灣基督長老教會所堅持的「面對現實，採取有效措施，使台灣成為一個新而獨立的國家」是矛盾的。
3. 台灣民政府在這兩年不斷強調「參拜靖國神社」以展示其主張之「日本天皇保有所有權」。但參拜靖國神社具有高度的政治及宗教的敏感度及爭議性，不宜鼓勵。

因此，我們再次呼籲：

目前台灣的處境雖然艱困，仍有許多關心台灣前途的人以各種不同的主張與方法疼惜台灣。在我們尊重不同主張、方法的同時，我們應以台灣基督長老教會的信仰告白「認同所有的住民，通過愛與受苦，來成做盼望的記號」為基礎，明辨各種主張之異同，選擇符合信仰之方式來與所有的台灣人共同追求使台灣成為一個重視公義、愛好和平、守護人權之「新而獨立的國家」。

台灣基督長老教會
總會議長  許榮豐
總 幹 事  林芳仲
主後二0一三年七月九日